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營利事業適用盈虧互抵須符合四大要件
財政部臺灣省南區國稅局表示，營利事業必須符合「公司組織」、「會計帳冊簿據完備」、「虧損及申報年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證」及「如期申報營利事業所得稅」四項要件，才能適用所得稅法第39條有關盈虧互抵的規定。
該局進一步說明，所得稅法第39條所稱「會計帳冊簿據完備」，除該公司形式上已設置及取得相關法令規定的帳簿及憑證外，必須帳簿及憑證符合所得稅法第21條：「營利事業應保持足以正確計算其營利事業所得之帳簿憑證及會計紀錄。」及商業會計法第34條：「會計事項應按發生次序逐日登帳，至遲不超過2個月。」等規定。
另所得稅法第39條已於98年1月21日修正公布，將可以自本年純益額中扣除的以往年度核定虧損，由前五年修正放寬為前十年，請營利事業注意新規定，以免損及公司權益。
公司組織之營利事業適用所得稅法第39條有關盈虧互抵之規定
財政部中區國稅局表示，所得稅法第39條第1項已明定，營利事業以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算，但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。
該局進一步說明：公司組織之營利事業，其虧損年度經稽徵機關查獲短漏之所得額，依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額不超過新臺幣10萬元，或短漏之所得額占全年核定可供以後年度扣除之虧損金額之比例不超過5%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，仍准適用所得稅法第39條有關盈虧互抵之規定。
該局查核某公司101年度營利事業所得稅結算申報案，發現該公司列報課稅所得額虧損600萬元，經查獲短漏所得120萬元，核定全年課稅所得額虧480 萬元，因短漏之所得額占全年核定可供以後年度扣除虧損金額之25%，依上揭規定非屬短漏報情節輕微，其本年度核定課稅所得額虧480 萬元，否准供以後年度抵減。