營利事業出售國內證券之交易所得雖停止課徵所得稅，但仍須依所得基本稅額條例規定，納入營利事業之基本所得額計算基本稅額。
證券交易所得雖依所得稅法第4條之1規定停止課徵所得稅，惟為維護租稅公平，使適用租稅減免規定而繳納較低稅負或完全免稅之營利事業能繳納最低基本稅額，停止課徵所得稅之證券交易所得應依所得基本稅額條例第7條第1項規定納入營利事業之基本所得額計算基本稅額，若營利事業未正確計算及申報基本所得額涉有短漏報情事者，除依法補徵稅額，另依同條例第15條規定，按所漏稅額處以罰鍰。
財政部南區國稅局表示，個人交易未上市、未上櫃及未登錄興櫃公司所發行或私募之股票、新股權利證書、股款繳納憑證及表明其權利之證書(以下簡稱未上市櫃股票)之所得，自110年1月1日起應計入個人基本所得額課稅。
但其發行或私募公司屬中央目的事業主管機關核定之國內高風險新創事業公司，且交易時該公司設立未滿5年者除外。
今年來台股交易熱絡，國稅局接獲不少公司詢問相關稅務問題。財政部中區國稅局表示，公司在股市投資取得相關所得，課稅規定根據所得類型有所不同，可分為出售股票或股份、獲配股利兩種。
法人股東處分手上的股票，要注意相關的課稅規定，與營所稅課稅規定有別，台北國稅局表示，營利事業的證交所得，要列入所得基本稅額，依12%稅率課稅，每年免稅額僅50萬元，不慎漏報將處最高二倍罰鍰。
