創業者在開始籌備公司階段，可以先利用以下簡單的三個問題來幫助您判斷應申請哪一種形式的公司，以利之後事業版圖的發展。如果想要一勞永逸，日後不要再花一筆錢去轉換成公司，建議還是一開始就成立公司，一次解決公司發展中會碰到的需求。
若想快速了解該成立哪種型態的公司，也可以先看以下的影片簡單說明兩者的差異。
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用簡單3個問題幫助您要建立公司還是行號呢?：
(一) 是否需要開立統一發票？
(二) 股東人數超過一位？
(三) 業務分布的區域範圍？是否遍及全國？
以上問題，只要有其一回答「是」，建議登記「公司」。回答皆是「否」，則建議登記「行號」。 茲分析如下:
判斷標準(一)：若從事的行業是需要批貨、有上下游供應商的商品或服務，而且需要開立發票給客戶/消費者，則申請公司為宜。
依現行稅法規定，公司組織，不論營業額多少，一定要使用統一發票。
行號原則上也是使用發票，只是行號可以例外，向國稅局專案申請「免用統一發票」(零售業且每月營業額20萬以內時)，申請後不一定會核准行號免用發票，必須國稅局審核核准後方能免用發票。只有符合小規模營業人(每月營業額20萬以內、非以連鎖形式經營事業、無自動叫號設施的小吃店生意)的標準，才得以申請「免用統一發票」，但是國稅局不一定核准免用統一發票，視個案情形而定。
除去例外的小規模營業人以外，行號還是要使用統一發票，如同公司組織一般，每期申報繳納5%營業稅。而所謂”小規模營業人”的要件有下列幾項：
1.每月營業收入未超過20萬元。
2.產品單價低、而且從事的是小店面生意。(例如:麵攤、小吃店)
3.非以連鎖形式經營事業。
4.從事的是零售業、不能是批發業。(批發業一定要開發票)
因此，若是每月營業額有超過20萬元，上下游廠商也需要發票才能報帳抵扣營業稅，即使是設立行號，還是需要開立發票，與設立公司日後的帳務處理與稅務申報程序基本上都是相同的。 公司與行號在稅務上的差異，如下表所示：
| 稅目 | 公司 | 行號 | 行號 |
|---|---|---|---|
| 使用發票 | 使用發票 | 使用發票 | 使用收據 |
| 營業稅稅率 | 5% | 5% | 1% |
| 徵收 | 依實際情況，按期申報 | 依實際情況，按期申報 | 依核定金額，按季徵收 |
| 計算 | (銷項稅額-進項稅額) =A A ＞0，則A=應納營業稅 A ＜0，則A=留抵稅額 | (銷項稅額-進項稅額) =A A ＞0，則A=應納營業稅 A ＜0，則A=留抵稅額 | 核定銷售額 * 1% = 應納營業稅； 進項稅額的 10% 得另外申請扣抵應納營業稅 |
| 暫繳申報 | 每年9月底依上年度已納稅額50%申報繳納 | 不適用 | 不適用 |
| 扣繳申報 | 依稅法規定 | 依稅法規定 | 依稅法規定 |
| 營所稅所得 | 依實際情況 | 依實際情況 | 依核定每月營收 * 12 * 6%或 季繳稅額÷ 1% * 4 * 6% |
| 稅率 | 20%(107年度起) | 併入個人綜所稅申報，屬營利所得 | 不適用 |
| 未分配盈餘分配期限 | 隔年6月底前決定分配金額 | 併入個人綜所稅申報 | 當年度即全數分配 |
| 未分配加徵稅率 | 5%(107年度起) | 不適用 | 不適用 |
| 股東可扣抵稅額帳戶 | 107年度起取消設置 | 不適用 | 不適用 |
判斷標準(二)：股東人數越多，建議申請公司
在行號又是合夥組織的型態下，若有任何應變更之事項或決議，需經所有合夥人全部同意才可執行;公司組織下，若有任何應變更登記事項，有限公司需全體股東同意並親自簽名，股份有限公司則需經由董事會或股東會決議，決議方法也依影響之程度，區分為普通決議及特別決議。因此，若股東人數較多，組成人員較複雜，則應成立公司組織為宜，以便加速日後決策執行的效率。
而且公司與行號不能相互轉換，所以成立公司組織以後，不能再改成行號組織，行號也不能再改成公司，只能重新申請，所以一開始設立時，建議向會計師諮詢專業意見，選擇適合企業發展策略的組織類別，辦理設立登記。
判斷標準(三)：業務範圍越廣，申請公司較佳
公司與行號所屬管轄之主管機關不同，【公司組織】的主管機關為『經濟部』；【行號組織】的主管機關為『地方縣市政府』，因此名稱保護的範圍也不一樣。公司名稱的保護是全國性，公司名稱有專一性，行號則僅限於設立登記的該縣市。(例如:萬集”有限公司”全國只能有一個，但是萬集”商行”台北市可以設一間，新北市、桃園市也可以另設一間完全一模一樣的名字)。
公司成立之後，可以遷址至任一縣市。但是若是申請行號，因為該名稱只能在單一縣市使用(例如:台北市)，所以若是日後不登記在台北市了，要搬到新北市，則還需再確認新的縣市沒有相同名字的行號已經登記，才能延用原來的行號名稱，非常不保險也不方便、所以建議登記公司組織比較有保障。
所以若是計畫業務區域是遍佈全國的，申請公司才能確保公司名稱能通行全國不會重複。此外，現在公家機關之招標常訂有投標資格，需達資本額最低標準門檻才能參與投標，行號因為設立時通常都沒有請會計師驗資，所以資本額通常都在25萬元以下，不符合招標規定而喪失資格，因此有意承包政府相關業務者，也建議以申請公司組織較為適當。
此外，一開始就成立公司、能夠開發票，在經營客戶關係上也會讓人覺得是值得信賴的對象，也是代表一種商譽。對合作廠商來說，往來的對象是公司組織，也是有規模、有制度的一種表現。
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另外提醒萬集的讀者，行號組織是未來會漸漸式微、被淘汰的一種組織型態，現在的世界，人力、資金、業務都是跨國流動的，一開業往往就是橫跨全國、跨界合作的經營型態，而且通常都是一個團隊一起協做、打團體戰、而非個人單打獨鬥的形態，業務不分國界，所以一開始，會計師都會建議客戶，直接建議設立公司組織最佳。
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